Автор имеет возможность закачать дополнительные файлы на шаге 4 процесса отправки статьи. Дополнительные файлы могут содержать наборы данных исследования, инструменты исследования, исходные тексты или другие материалы, которые могли бы служить приложением к статье, но являющиеся, по сути, самостоятельными документами, обладающими независимой ценностью. Кроме того, автор может проиндексировать дополнительные файлы независимо от статьи, сделав их таким образом доступными тем, кто ищет специфические материалы.

Форматы дополнительных файлов. Дополнительные файлы загружаются в своем оригинальном формате, без ограничений, и сохраняют свой формат в противоположность остальной части отправленной статьи, которая предоставляется в стандартном формате рукописи и затем преображается в стандартный формат публикации. Иными словами, наборы данных, представленные в таблицах или flash-презентациях, сохраняются в их оригинальном формате, а это, в свою очередь, может создать проблемы для читателей. Авторам следует принять это во внимание, по возможности указывая в описании дополнительного файла, где можно загрузить свободное программное обеспечение для открытия и просмотра дополнительного файла.