OJS разработана как мультижурнальная система и администратор сайта может выполнять настройки на уровне сайта, а также создавать новые журналы, управляемые в рамках сайта. Сайты журналов полностью независимы, за исключением учетных записей пользователей — один пользователь может выступать в любой комбинации ролей в любых журналах с одним и тем же логином и адресом электронной почты.
Настройки сайта
Администратор сайта вводит основную информацию, общую для всех журналов сайта, включая название сайта и его описание, а также контактную информацию.
Перенаправление на журнал. Эту настройку можно использовать для обеспечения перенаправления всех запросов на конкретный журнал. Как правило, эта настройка используется в случае, когда сайт содержит единственный журнал.
Хостинг журналов
Поскольку OJS позволяет создать любое количество журналов, новые журналы можно создавать в любой момент. К каждому вновь созданному журналу создается уникальный URL, построенный на основе аббревиатуры, заданной администратором сайта. Новые журналы, находящиеся в процессе создания, можно скрыть от пользователей до момента завершения настройки.
Языки
OJS — мультиязычная система, поддерживающая большой спектр языков. Администратор сайта может выбрать язык сайта по умолчанию и установить дополнительные языковые локали по мере необходимости.
Дополнительные языковые пакеты как правило доступны на сайте Open Journal Systems. Эти пакеты можно устанавливать на существующую систему OJS.
Способы идентификации
По умолчанию OJS идентифицирует пользователей в своей внутренней базе данных, однако, можно использовать другие методы, в частности, LDAP. Дополнительные способы идентификации поддерживаются модулями OJS (см. описание модулей).